El CCI Flores (conocido también como CCI Heredia) cuenta con los siguientes ministerios:
- CCI KIDS: Es el ministerio que se empeña en consolidar el concepto de «iglesia de la niñez», bajo la práctica educativa para niños menores a los 11 años. Nuestra metodología se inscribe como «educación rotativa», y trabaja en la aplicación de las inteligencias múltiples a la formación de la fe cristiana en la niñez. El ministerio está actualmente bajo la dirección de la Lcda Verónica Soto, en compañía de un equipo de maestras y guías. Su actividad se realiza paralela a la Celebración semanal.
- RAÍCES: Es el ministerio juvenil que integra al sector de la congregación entre los 11 y más. El ministerio realiza diversas actividad de acompañamiento a los juveniles con la comprensión de que sus espacios de tiempo para estar juntos está condicionado por la prioridad de sus ocupaciones educativas y familiares. Sus actividades se realizan los cuartos jueves de mes a las 7 PM. El ministerio está actualmente bajo la dirección de los pastores Raquel Acosta y Allan Cascante, números telefónicos de referencia: 8819-9705 y 8730-7659 respectivamente.
- FRECUENCIA CCI: Nuestra emisora de radio por la internet, con programa de 24 horas los siete días de la semana. Es una emisora con prioridad en música cristiana de acompañamiento, que intercala breves mensajes de fe, y algunos programas en vivo. Está calificada como una de las mejores radios por la internet en su género. Cuenta con App de las tiendas de PlayStore y AppStore (FRECUENCIA CCI), así como su acceso a través de diversas aplicaciones que conjuntan emisoras radiales de todo el mundo. Puede accederse, asimismo, por medio de su sitio web: https://www.frecuenciacci.com/ Actualmente la emisora está bajo la dirección del señor Andrés Aguilar. Número telefónico de referencia: 7108-7776
- CCI MEDIA: Estamos produciendo CCI CELEBRA, nuestra celebración dominical a las 10 AM, que transmitimos por YOUTUBE LIVE y por FRECUENCIA CCI. También producimos otros recursos virtuales de acompañamiento a esta época de pandemia para el acompañamiento espiritual de los creyentes y el testimonio cristiano.